Les monuments ne furent pas pillés de leurs oeuvres d'art et de leurs revêtements, la route se couvrit d’herbes sauvages qui la masquèrent au regard.
C’est seulement vers la moitié du XVIIIème, que l’on commença à déterrer les oeuvres tombées et à en ramasser les fragments.
Les premiers cimetières chrétiens furent établis sur l'Appia à la fin du 1er siècle de notre ère : le long de cette route on creusa les plus importantes nécropoles souterraines, les Catacombes de San Callisto, qui remontent au IIème siècle, et celles de San Sebastiano, qui gardèrent quelque temps les corps des deux Apôtres fondateurs de l'Église Romaine.
L'histoire a vérifié que l'Apôtre entra dans la ville en parcourant l'Appia.
La portion la plus intéressante de l'Appia va de la tombe de Cecilia Metella au Casal Rondo, sur environ 4,5 km : les mausolées, revêtus de marbres, ornés de statues des morts, s'alignent sur le côté entre des pins gigantesques et des cyprès. Sur un côté on découvre les imposantes arches de l'aqueduc romain, à l'horizon se dessine le profil des Châteaux et vers la mer s’étend la plaine, dans une vision intemporelle qui a fasciné beaucoup de grands poètes.
Une nouvelle Appia fut construite de Rome à Brindisi presque parallèlement à l'originale en 1784.
Etant donné son intérêt historique et les restes archéologiques présents sur son parcour, de nombreuses fois fut demandée la création d'une aire protégée, qui fut obtenue finalement grace au combat d'Antonio Cederna.
Aujourd'hui, on peut visiter le Parc Régional de l'Appia Antica, créé le 10 novembre 1988, avec une surface d'environ 3.500 hectares qui s'étend sur les communes de Rome, de Ciampino et de Marino.
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