Malgré quelques remaniements, l'organisation géométrique de cette clôture reste la même.

L'actuelle Parc des Daini correspond à la seconde clôture, un jardin réservé au prince. À la frontière entre la première et la seconde clôture on trouvait le Jardin Secret, avec les maisonnettes de la Volière et de la Méridienne.
La troisième clôture était la partie la plus vaste et la plus dégagée, et donc celle qui dans le temps a subi le plus de changements.

À partir de la fin du 18è siècle, par le souhait de Mar-Antoine Borghese, des travaux de transformation et d’embellissement furent entrepris, confiés aux architectes Antonio et Mario Asprucci, qui concernèrent le Casino Noble, les édifices mineurs et le parc.
L'intervention la plus visible fut la réalisation du Jardin du lac, un jardin à l'anglaise, avec l'introduction d’èspèces exotiques et de la construction d'un petit temple de style néo-classique. Dans les premières décennies du 19è la villa fut agrandie avec le rattachement à la Villa Giustiniani vers Porte du Peuple et des Villas de Pamphili et Manfroni vers la Porte Pinciana.

Les travaux se poursuivirent avec l'intervention de Luigi Canine qui laissa dans la Villa une nouvelle organisation et de nombreuses petites oeuvres d'inspiration éclectique et néo-classiques. Une nouvelle phase s’ensuivit par l'acquisition par l'État (1901) puis par la ville, qui essai de transformer la villa en une sorte de lotissement et entama même une longue série de remaniements dans le but de l'adapter au nouvel emploi public. De la fin de la guerre à aujourd'hui, nombreuses furent les interventions de restauration et de récupération de l'organisation et des décorations du parc d’origine.